聚合酶链式反应(PCR)
操作步骤
1.在冰浴中,按以下次序将各成分加入一无菌0.5ml离心管中。
1QPCR buffer
5 μl
dNTP mix( 2mM )
4 μl
引物1(10pM)
μl 2
引物2 ( 10pM)
2μl
Taq酶(2U/ul)
1 μl
DNA模板( 50ng-1μg/μl )
1 μl
加ddH2O至
μl 50
视PCR仪有无热盖,不加或添加石蜡油。
2.调整好反应程序。将上述混合液稍加离心,立即置PCR仪上执行扩增。-般:在93°C
预变性3-5min ,进入循环扩增阶段: 93°C 40s→58°C 30s→72°C 60s ,循环30-35
次,后在72°C保温7min。
3.结束反应, PCR产物放置于4°C待电泳检测或-20°C长期保存。
4. PCR的电泳检测:如在反应管中加有石蜡油,需用100ul进行抽提反应混合液,以
除去石蜡油;否则,pcr实验室,直接取5- 10μl电泳检测。
EMSA实验
EMSA:凝胶迁移或电泳迁移率检测是一种检测蛋白质和DNA序列相结合的技术,初用于研究DNA结合蛋白和其相关的DNA结合序列相互作用,可用于定性和定量分析。分为2种类型:同位素标记探针,山西pcr,非同位素标记探针。
通常将纯化的蛋白和细胞粗提液和32P同位素标记的DNA或RNA探针一同保温,在非变性的聚bing烯凝胶电泳上,分离复合物和非结合的探针。DNA-复合物或RNA-复合物比非结合的探针移动得慢。同位素标记的探针依研究的结合蛋白的不同,可是双链或者是单链。当检测如转录调控因子一类的DNA结合蛋白,可用纯化蛋白,部分纯化蛋白,或核细胞抽提液。在检测RNA结合蛋白时,实时荧光定量pcr,依据目的RNA结合蛋白的位置,可用纯化或部分纯化的蛋白,也可用核或胞质细胞抽提液。竞争实验中采用含蛋白结合序列的DNA或RN片duan和gua核苷酸片段(特异),和其它非相关的片段(非特异),来确定DNA或RNA结合蛋白的特异性。在竞争的特异和非特异片段的存在下,依据复合物的特点和强度来确定特异结合。
lncRNA测序
长链非编码RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)一般是指长度大于200 nt的RNA,位于细胞核内或胞浆中,不参与蛋白质编码功能,以RNA形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平,在生命活动中具有重要作用。
长链非编码RNA测序(long non-coding RNA sequencing,lncRNA-Seq)是一种使用特定方法降低样本中rRNA 的丰度,对富集到的 RNA进行文库构建,再对高通量测序仪产出的数据进行信息分析的研究方法。lncRNA-Seq可一次性获得样本中全部的lncRNAs信息,对lncRNAs的类别、功能进行的深入分析,从而快速准确地获得与特定生物学过程(例如发育、疾病等)相关 lncRNA信息。
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