单核苷酸多态性( SNP )实验
SNP (Single Nucleotide Polymorphisn即单核苷酸多态性 ,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphism)。据估计,在人类基因组中,大约每千个碱基中有一个SNP ,无论是比较于度多态性(RFLP)分析还是微标记(STR) ,都要广泛得多。
实验方法原理:
SNP (Single Nucleotide Polymorphisn即单核苷酸多态性,实时荧光定量pcr,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphism)。据估计,在人类基因组中,大约每千个碱基中有一个SNP ,无论是比较于限制性段长度多态性(RFLP)分析还是微标记(STR) ,都要广泛得多。SNP是我们考察遗传变异的单位,据估计,人类的所有群体中大约存在一千万个SNP位点。-般认为,相邻的SNPs倾向于一起遗传给后代。 于是,我们把位于染色体上某一区域的一组相关联的SNP等位位点称作单体型( haplotype b大多数染色体区域只有少数几个常见的单体型(每个具有至少5%的频率),它们代表了一个群体中人与人之间的大部分多态性。-个染色体区域可以有很多SNP位点,但是我们一-旦掌握了这个区域的单体型,就可以只使用少数几个标签SNPs(tagSNP)来进行基因分型,获取大部分的遗传多态模式。
16.长链引物为什么出错的几率非常高?
答:引物合成时,每一步反应效率都不能达到****,产生碱基插入、缺失、置换突变的因素客观条件都有一直存在。引物链越长,突变的频率累加起来就越高。研究人员总希望合成的引物万无一失,这种心情可以理解。但是犹如PCR扩增,不可能保证扩增产物中没有突变,引物合成也不可能保证****正确。要知道,引物合成中发生错误(非人为因素)的频率,比任何高保真高温聚合酶PCR扩增过程所产生的频率都要高。做引物合成,长链引物合成,您要有引物中部分引物可能有突变的思想准备。
17.如果测序发现突变,该如何处理?
答:遇到这种情况,基因检测多少钱,首先和核酸合成厂家取得联系,生产人员会检查生产的原始记录,主要是核对合成序列是否和定单一致,他们在电脑中一般会保留所有原始数据。在确认引物合成序列没有输错的情况下,建议重新挑取测序,可能会找到正确的。根据经验,40个碱基以下的引物,pcr检测,测1-2个就可以了;40个以上的特别是用于全片段拼接合成的,就需要多测一些了。一般情况下,每个突变的位点都不一样,广东pcr,提示正确的总是有的,就是如何找到它。也可以要求公司将引物免费重合一次,不过重合的引物和次的引物一样,都可能含突变,不会因为重合的引物就减少您的遇到问题的几率。基因拼接过程中,如果发现一段区域突变点不多,就多测几个,否则就重合一下引物。
RNA pull down 检测
RNA pull down:RNA沉淀检测,是检测RNA结合蛋白与其靶RNA之间相互作用的主要实验方法之一。使用体外转录将RNA进行生物素标记,并与细胞蛋白裂解液孵育,形成RNA-蛋白复合物。复合物通过磁珠结合后分离,复合物纯化洗脱后通过Western blot验证检测特性的蛋白。若筛选可能结合的蛋白通过质谱实验进行检测筛选。
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